Τα εκπαιδευτικά προγράμματα του Μουσείου πραγματοποιούνται οργανωμένα και απευθύνονται σε παιδιά του Δημοτικού και του Γυμνασίου.

Το πρόγραμμα "Δημοφιλή και μη Ζώα" στοχεύει στην εξοικείωση των μαθητών του Δημοτικού με τα «μη δημοφιλή» ζώα μέσα από τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά και λειτουργίες τους . 

Το πρόγραμμα "Ψάξε το Μουσείο για να βρεις ένα σου φίλο!" απευθύνεται σε μαθητές Γυμνασίου και αποτελεί ένα κυνήγι θησαυρού μέσα στους χώρους του Μουσείου, το οποίο οδηγεί τους μαθητές στην ανακάλυψη των ειδών προς εξαφάνιση και των λόγων που συμβαίνει αυτό. Γρίφοι, αποστολές και QR κώδικες βοηθούν τα παιδιά να ανακαλύψουν τα ίχνη των απειλούμενων ειδών.

Τα εκπαιδευτικά προγράμματα συντελούν στο να κατανοήσουν τα παιδιά τις έννοιες της βιοποικιλότητας, των οικολογικών σχέσεων μέσα σε κάθε οικοσύστημα και να καταλάβουν ότι όλοι οι οργανισμοί είναι απαραίτητοι στο περιβάλλον και τον πλανήτη.